Assemblée des délégués
L'organe supérieur du PEV Suisse est l'Assemblée des délégués. Chaque parti cantonal y envoie deux délégués. De plus, les partis locaux - et là où ceux-ci n'existent pas - les partis régionaux et cantonaux sont autorisés à envoyer deux délégués pour les 40 premiers membres. Un délégué de plus peut être envoyé pour chaque tranche de 20 membres supplémentaires. Les membres du Comité du parti possèdent également le droit de vote. Tous les autres membres du parti ont le droit de prendre part à l'Assemblée des délégués avec une voix consultative.
Comité du parti
Le Comité du parti est composé du président, des vice-présidents et de 6 à 12 autres membres. Les partis cantonaux qui comptent plus de 10 % des membres du parti national ont droit à au moins un siège chacun au sein du comité exécutif du parti. En outre, la Suisse romande, le *jpev et le PEV Femmes ont chacun droit à un siège. Par ailleurs, les petits partis cantonaux doivent être pris en compte de manière appropriée lors de l'élection du Comité du parti. Enfin, il faut veiller à assurer une représentation équilibrée en termes de régions et de sexes. Les membres de plein droit du Comité du parti sont les membres de l'Assemblée fédérale appartenant au PEV, ainsi que le Secrétaire général et un autre membre du secrétariat général à titre consultatif. Le mandat des membres du Comité du parti est de 4 ans. Ils sont rééligibles.
Direction générale
La Direction générale est l'organe exécutif du parti, issu du Comité du parti. Il est composé du président, des deux vice-présidents et de trois autres membres au maximum. La Direction générale comprend au moins un membre de l'Assemblée fédérale. En outre, le Secrétaire général et un autre membre du secrétariat général font partie de la Direction générale à titre consultatif. La Direction générale est responsable de la gestion opérationnelle du parti, s'occupe de ses affaires courantes, convoque les réunions du Comité du parti et traite les questions d'actualité. Il exerce son contrôle sur le Secrétariat général.
Partis cantonaux
Le PEV compte actuellement 18 sections cantonales. La section des jeunesdu PEV, le *jpev, existe depuis 2004. Elle a les mêmes droits qu'un parti cantonal.
Jeunes du Parti Evangélique *jpev
En 2004, le *jpev a été fondé à Schaffhouse. Il vise à motiver les jeunes chrétiens et chrétiennes et à les mettre en réseau dans toute la Suisse. En tant que réseau national, il n'est soumis à aucune section cantonale.
Tous les membres du PEV de moins de 35 ans sont membres du *jpev. Parallèlement, toutes les personnes adhérant au *jpev deviennent membres du PEV.